Mimarı bilinmemektedir. Osmanlılar devrinde de kullanılan medrese XIX. Yüzyılın sonlarında terk edilmiştir. Anadolu Selçuklu devri çini işçiliğinde önemli yeri bulunan Karatay medresesi 1955 yılında ‘çini eserler müzesi’ olarak ziyarete açılmıştır.