2 minaresi bulunan caminin batıdaki minaresine iki ayrı yol ile çıkılmaktadır. Batı minaresi Ulu Cami’nin inşaatı ile birlikte yapılan minaredir. Doğu minaresi ise kaidesinin oturacağı yerde Emir Han’ın ahırları bulunduğu ve bu yer Orhangazi Vakfına ait olduğu için cami inşaatı ile birlikte yapılamamıştır. Bu minare daha sonraki yıllarda Çelebi Mehmet Han tarafından yaptırılmıştır. Bu gecikme Yıldırım Beyazıt Han’ın hukuka saygıdaki hassasiyetini gösteren bir hadisedir.